Policijske agencije na državnoj razini suočavaju se s brojnim problemima u radu, a neki od njih ozbiljno dovode u pitanje i njihovu temeljnu funkciju. Čelnici policijskih agencija na državnoj razini dostavili su Parlamentu BiH popis problemima s kojima se suočavaju i koji utječu na njihov rad. Direktor SIPA-e Goran Zubac upozorio je na neriješeno pitanje smještaja Agencije u regionalnim centrima, kao i na sporo donošenje provedbenih propisa.
-Ističemo da je popunjenost Agencije na kraju 2012. godine bila 72 posto sistematiziranih radnih mjesta. Ono što izravno limitira popunjenost Agencije su ograničena proračunska sredstva neophodna za smještaj, materijalno-tehničko opremanje, prijem i plaće novozaposlenih u Agenciji. Imajući u vidu ograničenja predviđena dokumentom okvirnog proračuna, evidentno je da se i u idućih nekoliko godina neće u znatnoj mjeri moći povećati broj izvršitelja u Agenciji - ističe Zubac.
Najalarmantnije je svakako upozorenje direktora Direkcije za koordinaciju policijskih tijela Himze Selimovića. Trenutna popunjenost ove direkcije je samo 64,06 posto.
- Zbog ovakve loše popunjenosti Direkcija nije u mogućnosti adekvatno obavljati poslove iz nadležnosti i time je dovedena u pitanje kvaliteta sigurnosti osoba i objekata koje Direkcija štiti, te funkcioniranje drugih policijskih agencija u BiH kojima Direkcija pruža usluge koordinacije i suradnje i međunarodne operativne policijske suradnje. Izražen je nedostatak osnovne i specijalne opreme koja se koristi prilikom osiguranja osoba i objekata. Već svima postaje očito loše stanje odora policijskih službenika, čiji je rok upotrebe davno istakao. Zaštitna i KDZ oprema, te dugo naoružanje su veoma loše kvalitete i ne postoji u dovoljnim količinama, upozorava direktor Selimović Graničnoj policiji BiH je, prema dokumentu koji je dostavio ravnatelj Vinko Dumančić, veliki problem neispunjavanje zakonskih odredbi kojima je propisano da granični prijelaz mora biti izgrađen i opremljen tako da omogućava efikasno i sigurno obavljanje graničnih provjera. Evidentan je nedovoljan radni prostor, neposjedovanje prostorija za zadržavanje osoba, nepostojanje nastrešnica, kontrolnih kućica, vodenog i higijenskog čvora, struje, itd.