Kranjčarev trenerski put počeo je sisačkoj Segesti, kod nekadašnjega nogometnoga i političkoga moćnika Đure Brodarca. Već tada Cico je pokazao izniman trenerski talent vodeći momčad u kojoj su igrali Piplica, H. Bišćan, Buinac, Peternac, Mlinarić..., a put prema Dinamovoj klupi otvorila mu je upravo pobjeda nad plavima 2:1, u listopadu 1994. godine u Sisku. Upravo nakon te utakmice Ćiro Blažević, tada na poziciji Dinamovoga predsjednika, dao je Cici ponudu koja se ne odbija.
Zlatko Kranjčar kao trener tadašnje Croatije debitirao je na klupi plavih 30. listopada 1994. godine u Slavonskom Brodu gdje je pobijedio Marsoniju sa 2:1. Pogotke su postigli Joško Jeličić i Domagoj Kosić. U sezoni 1994./1995. Dinamo je na kraju zauzeo drugo mjesto, s bodom manje od Hajduka, a u finalu Kupa bio je poražen u obje utakmice od Hajduka (2:3, 0:1).
Zlatko Kranjčar u sljedećoj sezoni upisao se u Dinamove anale kao prvi trener plavih koji je osvojio dvostruku krunu. Naslov prvaka osigurao je u posljednjem kolu svladavši Zagreb u Kranjčevićevoj sa 3:1, a u finalu Kupa nadigrao je Varteks (2:0, 1:0). Na žalost, vodstvo kluba, tadašnji predsjednik Canjuga i direktor Horvatinčić, nisu Cici honorirali povijesni uspjeh. Njihov odabir bio je Otto Barić.
Kranjčar je u sljedeće dvije godine lutao od Linza preko Slavena Belupa i Segeste do Samobora, a na klupu Dinama vratio se u veljači 1998. godine, nakon što je nakon remija u Suhopolju, bio smijenjen Marijan Vlak. Cico je drugi put na klupi Dinama debitirao 18. veljače 1998. i svladao Hajduk u Maksimiru sa 2:0 pogocima Šokote i Krznara.
U svibnju 1998. godine Kranjčar je s plavima drugi put osvojio dvostruku krunu i ovoga puta dobio priliku da plave povede u Europu. Tada je Cico s Dinamom napravio još jedan povijesni iskorak, eliminiravši Celtic (0:1, 3:0) postao je prvi trener koji je plave uveo u Ligu prvaka. Bila je to doista megamomčad s Ladićem, G. Jurićem, Prosinečkim, Jeliččićem, Mujčinom, Šarićem, Vidukom.... Cico je u Ligi prvaka remizirao s Ajaxom (0:0), izgubio od Olympiacosa (0:2) i Porta (0:3), a dogodio mu se i antologijski kiks u Kupu s Dugim Selom (2:3), pa je bio smijenjen. Nije mu baš bilo leglo što je na njegovo mjesto uskočio prijatelj i kum Velimir Zajec.
Treća i posljednja Cicina epizoda u Dinamu zbila u ljeto 2016. godine. Tada je preuzeo plave nakon odlaska Zorana Mamić i iako je publika bila oduševljena povratkom legende, s gazdom kluba nije bilo kemije. A rezultat je opet bio senzacionalan: Cico je preko Vardara, Dinama iz Tbilisija i Red Bull Salzburga odveo plave u Ligu prvaka, i tako postao jedini Dinamov trener kojemu je to uspjelo dva puta. Kako mu u prvenstvu nisu baš bile cvjetale ruže, nakon poraza na Rujevici od Rijeke (2:5), Kranjčar je dobio otkaz. Treći put. I otišao je tiho, bez teške artiljerije prema klubu, bez ijedne ružne riječi.
Zlatko Kranjčar ima je još dva trenerska vrhunca. Jedan je svakako iznenađujući naslov prvaka sa Zagrebom iz 2002. godine čime je i dan danas jedini trener koji je s dva kluba osvajao titule u Hrvatskoj. Svi se vjerojatno sjećaju te šampionske Zagrebove generacije: Vasilj, J. Bulat, Stavrevski, Milinović, Tadić, Poldrugač, Duro, Lovrek, Hasančić, Franja, Olić.
Druga Cicina trenerska kulminacija zbila se na poziciji izbornika hrvatske reprezentacije. Kranjčar je u ljeto 2004. godine postao izbornik nakon što se Savezu zahvalio Srečko Katanec, pa je poveo Hrvatsku u kvalifikacije za SP 2006. Izravan plasman u Njemačku izborio je u posljednjem kolu pobjedom po nad Švedskom u Maksimiru (1:0), a taj ciklus pamtit će se kao jedini u povijesti u kojemu Hrvatska nije bila poražena.
Kranjčareva Hrvatska u pripremama za Svjetsko prvenstvo među ostalim svladala je Argentinu s Messijem u Baselu sa 3:2, a u toj utakmici za Hrvatsku je debitirao Luka Modrić. Na žalost, na turniru u Njemačkoj potpuno je podbacila remiziravši s Japanom (0:0) i Australijom (2:2), izgubivši od Brazila (0:1), te se šokantno oprostila nakon grupe faze natjecanja. Cico je imao potporu Saveza za nastavak mandata, ali se nije želio odreći svoga stručnoga stožera, Ivkovića i Novoselca, pa je bio smijenjen. Kao zapeta pušta tada je svoju priliku čekao Mamićev igrač Slaven Bilić...