Zbog osnovane sumnje da su u procesu rješavanja viškova naoružanja, streljiva i minskoeksplozivnih sredstava uništenjem, ili delaboracijom počinili niz kaznenih djela, SIPA je podnijela je Tužiteljstvu BiH izvješća protiv 11 osoba. Inspektori SIPA-e su od 2010. do 2012. obavili istrage oko nezakonitih postupaka u rješavanja viškova naoružanja, streljiva minskoeksplozivnih sredstava, prilikom uništenja ili delaboracija, koji su za potrebe Ministarstva obrane i OS BiH rađeni u poduzećima “Pretis” Vogošća i “Binas” Bugojno.
Pitanjem gdje su nestajale goleme količine oružja i opreme bavilo se i Istražno povjerenstvo Parlamenta BiH. Tada se zaključilo da je nepoznata količina oružja i streljiva i minsko-eksplozivna sredstva uništavana mimo odluka Predsjedništva BiH, nezakonito na osnovi pojedinačnih odluka koje su potpisivane retroaktivno, za što su odgovorni Ministarstvo odbrane i Oružane snage BiH. Poslije završenih istraga SIPA-e je protiv pet osoba dostavila Tužiteljstvu BiH spis zbog postojanja osnova sumnje da su počinili kaznena djela zloupotrebe položaja, ili ovlasti i nesavjesnog rada u službi, te kazneno djelo zloupotreba ovlasti u gospodarskom poslovanju. Kako prenosi Srna, radi se na provjerama mogućih zloupotreba u postupku rješavanja viškova naoružanja, streljiva i MES-a uništenjem ili delaboracijom, koji su za potrebe Ministarstva obrane i OS BiH rađeni u vlastitom pogonu OS BiH u Doboju. Utvrđeno je da postoji osnov sumnje da su dvije osobe počinile kazneno djelo zloupotrebe položaja ili ovlasti, o čemu je napravljeno izvješće i 10. 4. dostavljeno Tužiteljstvu BiH. Po zahtjevu Tužiteljstva BiH, prikupljeni su dokazi i 11. 11. 2011. dostavljeno je izvješće o postojanju sumnje da su četiri osobe počinile krivično djelo nesavjestan rad u službi, u vezi sa prodajom delaboriranog eksploziva (TNT) koji je trebao biti vraćen Ministarstvu obrane, tj. OS BiH.