Ministri na državnoj i entitetskoj razini u BiH zatekli su u svojim resorima razgranatu birokratsku strukturu koja prema važećim zakonima skoro pa ne može biti smijenjena.
Godinama se u BiH bezuspješno najavljuju izmjene i dopune Zakona o državnoj službi, prema kojim bi pomoćnici ministara na državnoj i entitetskoj razini trebali izgubiti status državnih službenika, odnosno kojim bi se njihov mandat izravno vezao za mandat izabranog službenika.
U BiH na državnoj razini postoji nekoliko stotina državnih službenika, od čega je više od 60 zaposleno na funkcijama pomoćnika ministara u Vijeću ministara BiH. Njihovu nesmjenjivost štiti Agencija za državnu službu (ADS) BiH i Zakon o državnoj službi BiH prema kojem pomoćnik ministra mora dati svoju suglasnost da bi bio smijenjen.
Odluka o nesmjenjivosti pomoćnika ministara u Vladi Federacije BiH donesena je za vrijeme Alijanse za promjene, koju je predvodila Socijaldemokratska partija BiH, od kada počinje gomilanje zaposlenika u administraciji i maksimalna politizacija službenih institucija bh. entiteta.
Politizacija je, kako na entitetskom, tako i na državnoj razini dovela do stvaranja nepovjerenja s obzirom na to da ministri nemaju povjerenja u rukovodeće strukture koje su im nametnule druge političke opcije.
U susjednim državama ovaj problem je riješen imenovanjem pomoćnika ministara na razdoblje trajanja jednog mandata, sa mogućnošću ponovnog izbora.
Ministri u Vijeću ministara BiH i Vladi Federacije BiH imaju u prosjeku pet pomoćnika, a neki od njih su na funkciji desetljeće i više. Najbolji primjer su Dragiša Mekić i Dušan Nešković, pomoćnici u Ministarstvu vanjske trgovine i ekonomskih odnosa BiH, Ermin Pešto i Samir Agić, pomoćnici ministra sigurnosti BiH, Miodrag Pandurević, pomoćnik ministra civilnih poslova BiH, te Zoran Perković, pomoćnik ministra vanjskih poslova BiH.
U Vladi Federacije BiH najviše pomoćnika zateklo je aktualnu ministricu financija Jelku Miličević i to njih osam, te ministra zdravstva Vjekoslava Mandića kojem je nametnuto sedam pomoćnika.