Ustavni sud FBiH je u listopadu 2013. godine presudio da je neustavno te da predsjednik FBiH prije donošenja odluke o pomilovanju treba obaviti konzultacije sa svojim zamjenicima. Sud je neustavnim proglasio i odredbu Zakona prema kojoj se ne mogu pomilovati osobe koje su već dobile pomilovanje od izdržavanja zatvorske kazne. Nacrt zakona usklađen je s odlukom Ustavnog suda te je upućen Uredu za zakonodavstvo i usklađenost s propisima Europske unije od kojeg se mjesecima čekalo neophodno mišljenje.
Predsjednik Federacije BiH imat će isključivo ovlasti da nakon obavljenih konzultacija s dva potpredsjednika odredi koja će osoba na odsluženju zatvorske kazne biti pomilovana, odnosno komu će zatvorska kazna biti smanjena, donosi Večernji list. Iako je ova odluka federalne Vlade, nedavno kada se o njoj raspravljalo, naišla na kritiku dijela medija, donesena je u skladu s odlukama Ustavnog suda FBiH koji je donio presudu 8. listopada 2013. da, kako piše, "prije donošenja odluke, predsjednik obavi konzultacije sa zamjenicima predsjednika FBiH" i članak u dijelu koji glasi: "ni za osobe koje su ranije dobile pomilovanje po ranije izrečenoj i izdržavanoj kazni zatvora", nisu u suglasnosti s Ustavom FBiH. U objašnjenju donesene presude Ustavni sud navodi kako je prema Ustavu Federacije BiH, pored ostalih nadležnosti, predsjednik Federacije BiH nadležan za davanje pomilovanja za kaznena djela propisana federalnim zakonom osim u slučajevima ratnih zločina, zločina protiv čovječnosti i zločina genocida. Zbog svega proizlazi da je akt o pomilovanju kao akt milosti utvrđen kao isključiva nadležnost predsjednika Federacije za određena kaznena djela utvrđena federalnim zakonom bez prethodne suglasnosti, odnosno konzultacija bilo koje institucije vlasti. S tim što u tekstu objašnjenja stoji da su i dalje pomilovanja isključivo autonomno pravo predsjednika FBiH i da je njegov potpis na pomilovanja konačni, objavljeno je na portalu Večernjeg lista BiH, Vecernji.ba. "Konzultacija kao oblik suradnje među institucijama ne može utjecati na donošenje konačne odluke koju treba donijeti predsjednik Federacije BiH, osim ako to nije propisano Ustavom Federacije BiH. S obzirom da je Zakonom o pomilovanju predsjednik Federacije BiH obvezan izvršiti konzultacije sa zamjenicima predsjednika, Ustavni sud je utvrdio da navedena odredba nije u suglasnosti s odredbama Ustava Federacije BiH jer prema ustavnim odredbama, u isključivoj nadležnosti predsjednika Federacije je da donosi odluku o pomilovanju te se zakonskim odredbama njegovo pravo ne može ograničiti. "Kada je u pitanju osporeni članak Zakona koji regulira da se pomilovanje ne može dati osobama koje su ranije dobile pomilovanje po izrečenoj i izdržanoj kazni, Ustavni sud Federacije BiH smatra da ista odredba proširuje krug osoba koje ne mogu dobiti pomilovanje, a što nije u suglasnosti s člankom Ustava Federacije BiH", piše u obrazloženju Zakona, izmjena Zakona o pomilovanju FBiH u čijem je posjedu "Večernjak". Spomenimo da je bivši predsjednik Federacije BiH bio prije dvije godine pritvoren zbog nepoštovanja Zakona o pomilovanju. Nakon novog zakona situacija bi trebala biti potpuno jasnija.