Papa Ivan Pavao II 12. i 13. travnja 1997. godine bio je u posjetu Sarajevu. Dolazak pape je davao novi tračak nade za ratom napaćenu i razrušenu zemlju.
Po izlasku iz zrakoplova, poljubivši bosanskohercegovačku zemlju, Papa je blagoslovio sve njezine ljude, pozvavši ih na trajno zalaganje za mir na ovim prostorima, potom je nazočio misi u sarajevskoj katedrali.
"Mir će pobijediti ako svi budu znali raditi u istini i pravdi, idući istodobno ususret zakonitim očekivanjima stanovnika ovih krajeva koji u svojoj složenoj raznolikosti mogu postati znakom za čitavu Europu", kazao je papa Ivan Pavao II.
Sutradan pred 50.000 prisutnih na stadionu Koševo papa je predvodio svečano euharistijsko slavlje. Pozvao je na mir, praštanje i pomirenje, dodavši kako je bitna pretpostavka pomirenja istina i pravda, donosi N1.
Iako je Ivan Pavao II još 1994. godine želio doći u Sarajevo i iako su pripreme za njegov dolazak bile gotovo završene, taj se posjet nije mogao ostvariti budući da nitko nije mogao jamčiti sigurnost papi i hodočasnicima.
Pa je Ivan Pavao II u Castel Gandolfu održao govor koji je namjeravao izgovoriti u Sarajevu. U govoru, koji je prenosila bh. televizija, papa se obraćao kao da je u Sarajevu. Papa Ivan Pavao II je dva puta posjetio BiH, a o njoj je govorio čak 263 puta.
Drugi posjet pape Ivana Pavla II Bosni i Hercegovini bilo je 22. lipnja 2003. godine kada je posjetio Banju Luku. I tom prilikom je pozvao na pomirenje, mir i afirmaciju čovjeka u BiH. Na misi u Franjevačkom samostanu Petrićevac u Banjoj Luci papa Ivan Pavle II proglasio je blaženim Ivana Merza.
Na misnom slavlju bilo je oko 40.000 hodočasnika, 360 svećenika i 40 kardinala, nadbiskupa i biskupa iz cijele Europe - Italije, Mađarske, Rumunjske, Austrije, Hrvatske, Slovenije, Češke, Srbije i Crne Gore. Pastoralni pohod Svetog oca Banjoj Luci bio je njegovo 101. putovanje izvan Italije, a za njega su bh. biskupi izabrali geslo "Blaženi čista srca".
Papa Ivan Pavao II je preminuo 2. travnja 2005. godine u Rimu.