Početak srpnja 1993. godine za Hrvate Fojnice najteže je razdoblje u novijoj povijesti. Prije 23 godine fojnički Hrvati doživjeli su egzodus koji je rezultirao progonom, ubojstvima te brojnim zločinima za koje ni do danas nitko nije odgovarao. Sve je počelo kršenjem sporazuma sklopljenog uz posredovanje međunarodnih predstavnika, a koji je Fojnicu kao posebnu “sanitetsku zonu” trebao zaštititi od scenarija kakav je ratne 1993. godine viđen u ovom srednjobosanskom gradiću. “Nož u leđa” Hrvatima Fojnice zabijaju dojučerašnji saveznici, bošnjački politički vrh i Armija BiH. U skladu s naputkom tadašnjih najviših bošnjačkih vojnih i političkih struktura, po kojoj je Armiji BiH naređeno da u svim sredinama gdje žive Hrvati glumi savezništvo s HVO-om, dok ojača vlastite redove, 2. srpnja ABiH napada Fojnicu. Time počinje masovan progon hrvatskog stanovništva. Napadom je ujedno i prekršen sporazum o Fojnici kao takozvanoj “sanitetskoj zoni” koji su sklopili zapovjednik postrojbi HVO-a u Fojnici Branko Stanić, zapovjednik Armije BiH Nihad Kamenjaš i francuski general Filip Morion, tadašnji zapovjednik snaga UNPROFOR-a u BiH, podsjetio nas je Branko Stanić, jedan od potpisnika ovog dokumenta koji je grubo pogažen prije pune 23 godine. Među najtežim zločinima koje je Armija BiH počinila nad hrvatskim stanovništvom Fojnice, Stanić navodi ubojstva 23 civila od kojih su neki živi spaljeni. Primjerice, 76-godišnja Luca Barbić i njezina kći Ana spaljene su žive u selu Šćitovo. Među ubijenim civilima su i fra Nikica Miličević i fra Leon Migić, gvardijan i vikar franjevačkog samostana u Fojnici. Na pragu samostana 13. studenog 1993. godine ubio ih je Miralem Čengić, pripadnik Armije BiH. Osim 23 civila, među kojima su i gvardijan i vikar, braneći Fojnicu poginulo je oko 100 pripadnika HVO-a, njih 300 je ranjeno, a 50 fojničkih Hrvata prošlo je kroz logore Armije BiH. Većina je završila u logoru “Silos” u Kaćunima, u općini Busovača. Svim zločinima počinitelji su zajednički, dolaze iz Armije BiH, a zajednička im je i činjenica da za njih ni 23 godine poslije nitko nije odgovarao.
Zbog teške ratne prošlosti broj Hrvata u Fojnici danas je skoro prepolovljen. Na području ove općine prije rata živjelo ih je oko 5,5 tisuća.