Unatoč činjenici kako je u BiH uspostavljen pravni okvir kojim se uređuje materija zaštite svjedoka i propisuje postupak određivanja i provedbe mjera zaštite, stvarnost u praksi otkriva da se iz različitih razloga isti ne primjenjuje u mjeri koja bi osigurala svjedočenje ovih osoba, što je u predmetima ratnih zločina često i presudno za uspješno okončanje postupka. Žrtve su najviše pogođene danim kaznenim djelom, ali su i osnovni izvor saznanja za kazneno djelo, kao i o okolnostima kaznenog djela, no čini se ipak da je njihov takav položaj, izuzev prakse Suda BiH, zanemaren u praksi ostalih sudova.
Tako OESS u svom izvještaju o praksi zaštite i podrške svjedoka u predmetima ratnih zločina u BiH navodi da se propusti u osiguranju istih svode na sustavni neuspjeh u pogledu osiguravanja zaštite žrtava i svjedoka zbog kojih žrtve svjedoci sve manje žele surađivati u kaznenim postupcima, te sve manje vjeruju da suđenja mogu dovesti do zadovoljenja pravde. Na sličnu situaciju ukazuju i rezultati istraživanja, prilikom kojeg se od 11 intervjuiranih žrtava ratnih zločina, tek njih šestero pojavilo kao svjedoci pred sudom, dok ostali kao osnovni razlog nesvjedočenja, iako znaju tko su počinitelji, odbili su se uopće dovesti u poziciju svjedoka, iz razloga što se plaše uznemiravanja nakon svjedočenja. Tako jedna od žrtava, koja je bila zarobljena u logoru u Foči, navodi da je tom prilikom bila uzastopno silovana kroz razdoblje od mjesec dana, no odbija svjedočiti jer „imam osjećaj da bi nakon svjedočenja dobivala prijetnje te da ne bih mogla mirno živjeti. Ovakvom osjećaju svakako doprinosi praksa pravosudnih tijela, te izvještaji međunarodnih organizacija koji prate suđenja ratnih zločina i koji upozoravaju da pravosudna tijela nedovoljno istražuju navode o prijetnjama svjedocima. Oni, također, ne primjenjuju zaštitne mjere kada je to prikladno, ili ih ne primjenjuju na dosljedan i koordiniran način, da bi se osigurala njihova efikasnost. Prijetnje pri tome su upućivane, ne samo žrtvi svjedoku, nego i njihovim obiteljima. U nekim slučajevima, kako bi se utjecalo na iskaz žrtve, nuđen je i mito, no svakako različiti oblici zastrašivanja su prisutni, kako prije tako tokom, te nakon svjedočenja. Stoga je važno podsjetiti na postojanje Zakona o zaštiti svjedoka pod prijetnjom, te istaknuti nekoliko zanimljivih odredbi.
Ovim zakonom uređuju se mjere koje osiguravaju zaštitu svjedoka pod prijetnjom i ugroženih svjedoka u kaznenim postupcima koje vode općinski sudovi, županijski sudovi i Vrhovni sud FBiH. U izuzetnim okolnostima kada postoji opravdana bojazan da će se ozbiljno ugroziti osobna sigurnost svjedoka ako se neki podaci objelodane i da će ta opasnost postojati i nakon davanja iskaza svjedoka, sud može po službenoj dužnosti ili po prijedlogu stranaka ili branitelja odlučiti da osobni podaci svjedoka ostanu povjerljivi u trajanju za koje se odredi da je potrebno, a najviše 30 godina nakon što odluka postane pravomoćna.