Sustav javnih nabava u BiH pokazuje sve više slabosti. Broj žalbi na provedene tendere državnih institucija godišnje premašuje brojku od 1800 i povećava se po stopi od 25 posto. Koliko su tenderi za nabavu roba i usluga u institucijama BiH sporni, pokazuju usporedni podaci s nekim od europskih zemalja. Broj žalbi na provedene procedure javnih nabava u BiH 4,5 puta je veći nego u Sloveniji, a čak sedam puta nego u Austriji. Jasno je kako sustav javnih nabava u BiH pogoduje malverzacijama i korupciji teškoj milijune maraka državnog, odnosno novca poreznih obveznika.
Podaci Ureda za razmatranje žalbi BiH, koji je mjerodavan za razmatranje prigovora vezano uz tendere, potvrđuju ovu konstataciju. U slučaju pet tendera prošle godine podnesene su kaznene prijave zbog nezakonitih ugovora vrijednih 8,6 milijuna KM, a ove godine samo u jednom slučaju iznos sumnjivih ugovora skoro dvostruko je veći. U cijeloj priči je znakovit i sukob državnih institucija, jer Ured za razmatranje žalbi tvrdi da postoji korupcija u Agenciji za javne nabave, pa je čak u godišnjem izvješću Parlamentarnoj skupštini BiH predložio i zaključke glede toga. Ured je predložio da Vijeće ministara „razmotri pitanje odgovornosti rukovodećih službenika u Agenciji za javne nabave BiH za dosadašnje propuste, kao i ekonomske svrsishodnosti i opravdanosti postojanja Agencije sa sadašnjim ovlastima“.
Predlaže se i poduzimanje svih potrebnih mjera „s ciljem efikasnije borbe protiv korupcije u sustavu javnih nabava u BiH, kao i otklanjanja nezakonitosti i nepravilnosti u radu Agencije za javne nabave BiH koje doprinose korupciji i štetno utječu na pravilnu i efikasnu primjenu zakona i podzakonskih propisa”. Suština optužbi Ureda za razmatranje žalbi na račun Agencije za javne nabave tiče se navodno pogrešnog tumačenja pojedinih odredbi Zakona o javnim nabavama od Agencije, a na osnovi kojeg su institucije BiH od početka 2006. pa do početka kolovoza prošle godine nezakonito zaključile ugovore o javnim nabavama u vrijednosti od više desetaka milijuna maraka.