Unutarvatikanski otpori papi Franji nisu prestali ni nakon više od četiri godine pontifikata. On je vrlo popularan među vjernicima te ima velik utjecaj na svjetsku politiku, ali unutar vatikanskih zidina još nema većinu. Možda i zbog toga što izbor nekih ljudi koje je imenovao na neke položaje nije bio najsretniji.
U komisiju za ekonomska pitanja imenovao je monsignora Lucia Ángela Valleju Baldu i Francescu Immacolatu Chaouqui koji su kasnije u aferi Vatileakes II. bili osuđeni kao davatelji povjerljivih informacija novinarima. Glavni vatikanski revizor Libero Milone dao je ostavku tri godine prije isteka mandata. Ministar za vatikansku ekonomiju kardinal George Pell napustio je položaj kako bi se u Australiji branio od optužbi za seksualna zlostavljanja. Pročelniku Kongregacije za nauk vjere kardinalu Gerhardu Ludwigu Mülleru nije produljio mandat na još pet godina. I novoimenovani pročelnik Kongregacije za nauk vjere, španjolski isusovac Luis Francisco Ladaria Ferrer, za sobom vuče, čini se, neku mrlju, odnosno da nije u prošlosti denuncirao jednog svećenika pedofila. Ta je informacija procurila tek nakon što je Ladaria Ferrer imenovan 2. srpnja, pa se postavlja pitanje je li papa Franjo o tome bio obaviješten. Odnosno da li mu se to držalo u tajnosti, pa pustilo u javnost nakon imenovanja, ili je papa to znao pa ocijenio nevažnim. Müller je uvijek negirao neslaganje s papom Franjom, ali sada nije prihvatio neku novu dužnost, ali je najavio da će ostati u Rimu, pa tako može postati lider papinih oporbenjaka. Protivnici spočitavaju papi, uz ostalo, progresističku crtu, odnosno to što govori u prilog siromašnih, što je u dijalogu sa suvremenim svijetom a ne nameće mu tradicionalni crkveni nauk, što je na strani izbjeglica itd., odnosno sve ono zbog čega je Franjo voljen u svijetu. Navodno su načinili i dosje o nekim slučajevima, koji gotovo nalikuju na romane znanstvene fantastike. Od toga da postoji sotonska sekta u Vatikanu, pa do insinuacija o crkvenim ljudima koji su radili za pomoć u tzv. zemljama Trećeg svijeta uz neke malverzacije, a da su bili u kontaktu s Bergogliom dok je bio biskup u Argentini. Mnoge insinuacije šire se društvenim mrežama preko stranica vezanih uz konzervativnu struju u Crkvi.
Ni reforme koje je najavljivao Franjo nisu otišle daleko. Još se ne zna zašto je revizor Milone dao ostavku. Neki kažu da je otišao jer mu je rečeno da si mora sniziti iznos plaće, a drugi jednostavno kažu da se to pitanje postavi vatikanskoj žandarmeriji. Vatikanska policija, dakako, šuti. Jesu li oni u Vatikanskoj kuriji koji su oduvijek bili protiv pape Franje uspjeli smanjiti mu mogućnost provedbe reformi? “Svi su htjeli reforme, jer u Vatikanu ima korupcije”, govorio je Franjo, ali čini se da mu sada mnogi podmeću klipove. Vatikanist lista Corriere della Sera Massimo Franco iznosi jedan detalj koji možda nije beznačajan. Franjo je u domu Santa Marta za vrijeme objeda sjedio u sredini dvorane, a već neko vrijeme sjeda za stol uza zid leđima okrenut prema dvorani.
