Niz je kontroverzi koje se vežu uz Franju Tuđmana i uglavnom dolaze od političkih protivnika i iz miljea koji ga optužuje za razbijanje Jugoslavije. Te su kontroverze najvećim dijelom vezane uz Bosnu i Hercegovinu i u nešto manjoj mjeri uz Hrvatsku. Kada je u pitanju Hrvatska, medijski i politički najeksploatiranije su optužbe da je izdao Vukovar i da je stvorio uvjete da se u procesu privatizacije obogati skupina od oko 200 odabranih osoba.
Godinama se na dan pada Vukovara plasira teza da je grad pao jer mu Tuđman nije želio pomoći. Uglavnom se vrtjela snimka razgovora za koju je teško naći osnovne podatke, prvo kada je uopće snimljena. Pri tome je ignoriran kontekst u kojem se bitka zbila. Da je cijela Hrvatska bila u ratu. Da se vojska stvarala od nule. Da su sve postrojbe s crte duge oko 1200 km, koja je počinjala na granici Srbije i općine Županja i završavala na jugu, u Konavlima, tražile oružje i opremu, a da je zarobljen samo jedan od 17 korpusa Kopnene vojske JNA. Da je Hrvatska od 25. rujna 1991. bila pod embargom na oružje Vijeća sigurnosti UN-a kojim je onemogućeno legalno naoružavanje.
Optužba o 200 odabranih obitelji koje su se obogatile na račun ostalih u državi u optjecaju je od 2000. godine, premda se prijašnjih godina “baratalo” brojkama od 50 do 500 obitelji, a najviše sa 100 obitelji. Ta se optužba može svesti na tvrdnju jednoga novinara Feral Tribunea iz 2000. godine da je “svehrvatska imovina” prvo “pretvorena u državnu, a onda je razdijeljena tek promoviranim feudalcima, novom hrvatskom plemstvu koje je mladu državu trebalo uvesti u 21. stoljeće”. Tvrdnja o 200 obitelji često se i po potrebi izvuče iz naftalina. No problem je uopće dokučiti početak kad je tvrdnja plasirana i tko je njezin autor.
Tako se jedno loše i neučinkovito gospodarstvo, kao što je bilo socijalističko, prikazuje kao vrhunsko, gotovo savršeno prije smjene vlasti 1990., nakon čega je grubo privatizirano i opljačkano. Prije nekoliko godina izrađen je doktorat u kojem je ta problematika dobila važno mjesto. No autor nije uspio naći vjerodostojan podatak kada je Tuđman spomenuo 200 obitelji, a osobe koje su to tvrdile nisu se očitovale na njegovu molbu da mu daju izvor za svoje optužbe, koja je, kao što smo rekli, i dalje u optjecaju, prema potrebama dnevne politike. Kontroverze o BiH puno su češće, od navodnog dogovora u Karađorđevu do doprinosa padu Bosanske Posavine i optuživanja za izazivanje rata s muslimanima (Bošnjacima). U biti se mogu svesti i na jednu megakontroverzu u čijem su središtu BiH i Tuđmanov odnos prema njoj.
Karađorđevo je lovište pokraj Bačke Palanke u Vojvodini koje u hrvatskoj kolektivnoj memoriji ima negativno značenje zbog sječe Hrvatskog proljeća 1971. godine. U njemu su se 25. ožujka 1991. sastali Tuđman i Milošević. Taj sastanak, kao i sljedeći 15. travnja u Tikvešu u Baranji, Tuđmanu je donio uglavnom nevolje i prozivanja da s Miloševićem dijeli Bosnu i Hercegovinu. Premda ne postoji nijedan konkretan dokaz, pojedini tumači novije povijesti navode i postotke BiH koji su trebali pripasti Hrvatskoj i Srbiji. Na sjednici Vrhovnog državnog vijeća 25. travnja Tuđman je sastanke s Miloševićem obrazložio nakanom da pobunjenim Srbima koji su to izbjegavali, pokaže da su razgovori političkih protivnika ne samo mogući već i nužni. Sve je to, znači, dovelo do otrežnjavanja, osobito kad su vidjeli da Milošević mora razgovarati s Tuđmanom, jer onda je jasno da moraju i Kninjani razgovarati. To mnogi ne razumiju. Navodni “sporazum” u Karađorđevu omiljen je kod Bošnjaka, koji na taj način relativiziraju propuste svoje politike, koja je rat dočekala nespremno, a što je posljedično imalo goleme civilne žrtve u prvim mjesecima rata.
Optuživanje Tuđmana da je kriv za pad Bosanske Posavine vrhunac je imalo početkom ovog stoljeća. Pri tome se, kao i kod drugih optužbi, polazilo od potpunog ignoriranja šire slike. Prvo, Bosanska je Posavina bila, što i sada jest, dio BiH pa je upitno kako je to Tuđman kriv za pad dijela druge države. On se jest miješao u rat, jer bez utjecaja HV-a u travnju 1992. ta država uopće ne bi opstala. No najveća je ignorancija u činjenici koja je neumoljiva: najveći angažman Hrvatske vojske, ne računajući završnu etapu rata potkraj 1994. u BiH, bio je 1992. u Bosanskoj Posavini, više je vojnika bilo angažirano u obrani Bosanske Posavine nego u dijelu BiH od Livna do Stoca, tj. u jugozapadnoj Bosni i zapadnoj Hercegovini. Optužba za izdaju lagodan je način da se amnestiraju mnogi, od onih koji su bili nedorasli do onih koji su pobjegli s kućnoga praga smatrajući da ga trebaju braniti Hrvati iz Hrvatske.
Tuđmana se optužuje i da je Hrvate u BiH okrenuo protiv države u kojoj su rođeni i da je zbog opsjednutosti Banovinom Hrvatskom izazvao rat s Bošnjacima, pri čemu je prekršio savez s njima protiv Srba. Popisi stanovništva od 1948. do 1991. prilično dobro pokazuju trećerazredan položaj Hrvata u BiH, pa se ne treba čuditi što je golema većina gledala prema Zagrebu, a ne prema Sarajevu. Saveza s Bošnjacima nije bilo do srpnja 1995. premda se mnogi lome dokazati da je postojao.