Smrtnost je bila iznimna, oko 50 posto i nije poznavala razlike u staležima. Od velikih boginja umirali su bogati i siromašni. Od njih je umro francuski kralj Sunce Luj XV, a pronađene su i na tijelima egipatskih mumija iz 1570. godine prije Krista. Od velikih boginja vjerojatno je umro i faraon Ramzes V.
Oni koji prežive, posljedice osjećaju zauvijek. Kod njih boginje izazivaju sljepilo ili na licu i koži zauvijek nose njihov žig u obliku osipa, tzv. kozičavo lice. Imala ga je i austrijska carica Marija Terezija. Bila je jedina žena na habsburškom tronu, a u povijesti Hrvatske i Zagreba bit će upamćena kao prosvijećena vladarica i dobrotvorka. Poticala je razvoj obrazovanja, zabranila spaljivanje vještica, a u vrijeme njene vladavine sjedište Hrvatskog kraljevskog vijeća premješteno je nakon požara 1776. iz Varaždina u Zagreb koji se od tada počinje ubrzano razvijati.
U svibnju 1767. epidemija velikih boginja poharala je njeno carstvo. Zarazila se i ona sama, njen sin Josip II, sva njegova djeca i njegova supruga Marija Jozefina. Nakon pet dana Marija Jozefina je umrla, kao i sva njihova djeca. Od svojih liječnika, Marija Terezija čula je za eksperimentalni način liječenja koje se upotrebljavalo u Kini. Tamošnji liječnici shvatili su da se kod nezaštićenih osoba, uz pomoć tvari izvađene iz rana oboljelih, može uzrokovati blaži oblik bolesti nego u slučaju zaraze prirodnim, kapljičnim putem, kao i da onima koji boginje prebole na taj način ostaje trajni imunitet. Takvo se primitivno cjepivo, piše Autograf, vršilo inokulacijom ili variolacijom sasušenim krastama ili iscjetkom iz rane blaže oboljelih vršila se ušmrkavanjem, utrljavanjem u kožu ili stavljanjem na otvorenu ranu. Pronađeni su dokazi da je korištena u 13. stoljeću u Egiptu, a prije Europe zabilježena je i u Kini, Indiji i Bliskom Istoku. Marija Terezija primijenila je tu tehniku na sebi, svojim dvorjanima i na svojoj djeci te su uspjeli preživjeti pandemiju. Ovakvo eksperimentalno liječenje omogućila je i svojim podanicima u ostatku carstva pa tako i u Zagrebu.
Iako je 2-3% cijepljenih osoba umrlo od boginja ili neke druge zarazne bolesti, cijepljenje je smanjilo širenje bolesti čak do 10 puta. Među cijepljenima su bili osim carice Marije Terezije i njezine djece i unuka, Frederik II, Luj XVI i Katarina II. Do otkrića britanskog liječnika Edwarda Jennera koje je uslijedilo, ovakav način cijepljenja bio je široko rasprostranjen u Europi. Slušajući priče o seljacima koji su imali kravlje boginje te su razvili imunizaciju na velike boginje, Edward Jenner je zaključio da ne samo da kravlje boginje štite od velikih boginja, već se mogu prenijeti s čovjeka na čovjeka. 1796. godine Jenner je uzeo uzorak tkiva ispod lezije jedne žene koja je imala kravlje boginje i time cijepio 8-godišnjeg dječaka po imenu James Phipps.
Dječak je imao simptome kao što su groznica, osjećaj hladnoće i gubitak apetita. Nakon 10 dana dječak se osjećao dobro te je Jenner ponovio cijepljenje sa supstancom iz svježe lezije nastale od velikih boginja. Dječak nije razvio bolest, čime je Jenner otkrio 100% učinkovito liječenje epidemije. Postupno je ovakva vrsta cijepljenja zamijenila postojeću i ubrzo se raširila Europom i svijetom. Latinska riječ za kravu je vacca, a za kravlje boginje vaccinia; stoga je Jenner odlučio nazvati ovaj novi postupak vakcinacijom. Zahvaljujući cijepljenju do 1980-ih bolest je iskorijenjena u Europi, a posljednja pandemija zabilježena je u Jugoslaviji 1972.
