Informaciju da su u BiH tijekom rata organizirane prve skupine Al-Kaide koju je ovih dana potvrdila američka obavještajna agencija CIA još prije nekoliko godina želio je otkriti samozvani član Al-Kaide, zapovjednik satnije u odredu El Mudžahid, organizator bombaškog napada u Mostaru Ali Ahmed Ali Hamad. On je tvrdio da je Osama bin Laden, utemeljitelj i vođa Al-Kaide, početkom devedesetih slao “svete ratnike” u BiH, što je dospjelo na naslovnicu njemačkog tjednika Der Spiegel. Svoju tezu ponovio je i tijekom svjedočenja na Haaškom sudu u postupku protiv ratnog zapovjednika Armije BiH generala Rasima Delića. Prije deportacije iz BiH Ali Ahmed Ali Hamad ostao je pri tvrdnji kako u BiH djeluju skupine Al-Kaide u kojima značajnu ulogu igraju muslimani iz BiH.
Evan Kohlman, savjetnik za terorizam američkog ministarstva pravosuđa i FBI-ja i jedan od najutjecajnijih analitičara terorizma, iznio je svoje gledište o tome gdje je stvorena Al-Kaida. U svojoj knjizi “Al-Kaidin džihad u Europi”, Kohlman tvrdi da je ključ za stvaranje islamističkih skupina na Zapadu upravo na Balkanu, i to u ratu u BiH. On tvrdi da se Al-Kaida počela stvarati od 1992. godine, te da nije bilo rata u BiH, ne bi bilo niti širenja Al-Kaide u Europi. Britanski list Spectator prenio je tvrdnje stručnjaka za globalni terorizam Brendona O´Neilla da je mudžahedinski pokret svetih islamskih ratnika formiran za vrijeme rata protiv SSSR-a u Afganistanu, no prerastao je u globalnu terorističku mrežu krajem prošlog stoljeća. Globalizacija terorističke mreže odvijala se uz potporu američke administracije neoliberalnih zapadnih političara i medija. Al-Kaida je u BiH postala oružano krilo zapadnih ljevičara i liberala.
